يتكون الهيكل التنظيمي لجمعية البر الخيرية بمغيب السر من خمس وحدات يرأسها مجلس الادارة.
الوحدات العاملة بالجمعية
1. الشؤون المالية.
2. الموارد البشرية.
البحث الاجتماعي
الفعاليات والاعلام